home *** CD-ROM | disk | FTP | other *** search
/ Danny Amor's Online Library / Danny Amor's Online Library - Volume 1.iso / html / faqs / bionet / info-theory next >
Text File  |  1995-07-29  |  27KB  |  769 lines
  1. Newsgroups: bionet.info-theory,news.answers
  2. Path: bloom-beacon.mit.edu!hookup!swrinde!howland.reston.ans.net!darwin.sura.net!fconvx.ncifcrf.gov!fcsparc6!toms
  3. From: toms@ncifcrf.gov (Tom Schneider)
  4. Subject: Biological Information Theory and Chowder Society FAQ
  5. Message-ID: <D05Kz4.6H2@ncifcrf.gov>
  6. Followup-To: bionet.info-theory
  7. Summary: monthly Frequently Asked Questions posting for BITCS
  8.  The news group bionet.info-theory is a forum for discussing information theory
  9.  in biology and for tossing food for thought around.  Other interesting
  10.  mathematical problems in biology are also welcome, as we will try our best to
  11.  take the log of them, so as to convert them into information theory problems.
  12. Originator: toms@fcsparc6
  13. Keywords: FAQ, Biological Information Theory and Chowder Society
  14. Sender: usenet@ncifcrf.gov (C News)
  15. Nntp-Posting-Host: fcsparc6.ncifcrf.gov
  16. Organization: Frederick Cancer Research and Development Center
  17. Date: Thu, 1 Dec 1994 22:25:51 GMT
  18. Approved: news-answers-request@MIT.Edu
  19. Lines: 747
  20. Xref: bloom-beacon.mit.edu bionet.info-theory:2014 news.answers:30406
  21.  
  22. Archive-name: biology/info-theory
  23.  
  24. ***********************************************************
  25.  
  26. Replies to Frequently Asked Questions (FAQ) for bionet.info-theory
  27.  
  28.              Biological Information Theory and Chowder Society
  29.  
  30. version = 1.65 of bionet.info-theory.faq  1994 December 1
  31.  
  32. ***********************************************************
  33. - What is the History of The Biological Information Theory and Chowder Society?
  34. - What Kind of Questions Are Appropriate For Discussion?
  35. - How Can I Learn More About Information Theory and Biology?
  36. - How Do I find Sequence Logos on the Web?
  37. - Is There a Shell Script for Making Sequence Logos?
  38. - Is There a Mosaic Page for Making Sequence Logos?
  39. - Will Authors Send Me Papers?
  40. - Can You Just Point My Mosaic To The FAQ and the Archives?
  41. - How Do I obtain bionet.info-theory BY EMAIL?
  42. - Where Did I Get This FAQ File From Originally?
  43. - What is the IP number of the FAQ archive?
  44. - Where Are the Bionet Archives?
  45. - What Can I Do About Inappropriate Postings?
  46. - What is the official word on copyright of this FAQ?
  47. - Who Takes Care of This Group?
  48. ***********************************************************
  49.  
  50. * What is the History of The Biological Information Theory and Chowder Society?
  51.  
  52. The Biological Information Theory and Chowder Society (BITCS) is a group of
  53. scientists interested in the biological applications of information theory
  54. (thus the "BIT") who meet informally for dinner (thus the "CS") from time to
  55. time in the Washington, DC, area.  At our dinners we have only one rule ---
  56. food fights are discouraged.
  57.  
  58. The guys who started this thing did it because we weren't certain we understood
  59. the biological implications of information theory.  Some of us are more
  60. comfortable with the mathematical machinery and assemble biological systems
  61. into grand canonical ensembles whether they want to be there or not; and some
  62. of us think they understand what the biological systems are doing but can't
  63. take a log to base 2.  What we try to do is pry from one another the bits of
  64. knowledge that will help us understand what's going on.
  65.  
  66. Some of the topics up for discussion in our group are:
  67.   biological applications of information theory
  68.   biochemical molecular machines
  69.   computer methods for recognition of molecular structure and function
  70.   database organization for biomolecular information
  71.   nanotechnology
  72.   the limits of computation
  73.   "dissipationless" (?) computation
  74.   Maxwell's demon
  75.   anecdotes and humor about all these topics
  76. A few relevant papers are listed below.
  77.  
  78. The group started when Tom Schneider was introduced to John Spouge in 1988.
  79. Tom bounced his ideas about molecular machines off John, and John kept finding
  80. flaws.  Tom would go away rather unhappily for a month and then find a
  81. solution.  But John was always one step ahead...  (and still is, on last
  82. account.)  Tom gave a talk about molecular machines at the Lambda Lunch meeting
  83. on the Bethesda NIH campus, and John introduced John (Steve) Garavelli.  We all
  84. got together with Peter Basser for dinner once in a while to talk about
  85. information theory.  Steve brought in one of the first people to apply
  86. information theory to biology, Hubert Yockey.  Steve Garavelli dubbed the group
  87. the "Biological Information Theory and Chowder Society", which it is still
  88. called.  We are known sometimes as 'chowderheads', and talk about food fights,
  89. but so far have only had electronic food fights!  We hold dinners in Bethesda
  90. Maryland on random occasions.
  91.  
  92. When our informal mailing list became difficult to handle, we petitioned to
  93. start a bionet news group.  We hope to hold roaring discussions, and everyone
  94. is welcome to join.  If you are uncertain about something, quit lurking and ask
  95. on the net.  It may well be that what bothered you is the key to a new piece of
  96. information theory in biology.  (The major advances so far have been by things
  97. that REALLY bugged people.)
  98.  
  99. We will also announce when and where our (irregular) eatings are and you are
  100. welcome to join if the travel is not too far.  John Spouge
  101. (spouge@ncbi.nlm.nih.gov), usually makes the arrangements.
  102.  
  103. ***********************************************************
  104.  
  105. * What Kind of Questions Are Appropriate For Discussion?
  106.  
  107. This faq sheet answers simple questions about this group.  The BIG questions
  108. should be discussed on the net, where we can all haggle over them.  Here are a
  109. few for starters:
  110.  
  111. What is the role of theory in biology today?
  112. What should be the role of biological theory?
  113.  
  114. What is information?  How should it be defined?
  115.  
  116. What bothers you when you read the two papers on the theory of molecular
  117. machines?  (It is only from the things that bother us that we can make progress
  118. in understanding.)  (See references below.)
  119.  
  120. What are flaws in the theory of molecular machines?
  121.  
  122. How is ATP used to drive molecular machines?
  123.  
  124. All communication systems are associated with living things, so is it true that
  125. information theory is really a theory about living things?  Was Shannon really
  126. a great biologist?
  127.  
  128. What does Maxwell's Demon have to do with all of this?
  129.  
  130. What are the limits of computers?
  131.  
  132. What are the limits of nanotechnology?
  133.  
  134. ***********************************************************
  135.  
  136. * How Can I Learn More About Information Theory and Biology?
  137.  
  138. REFERENCES - General
  139.  
  140. There are a huge number of papers related to this topic, just about everything
  141. in molecular biology, lots of chemistry, physics, electronics, evolutionary
  142. theory, thermodynamics, statistical mechanics and the kitchen sink ...  You can
  143. get a pretty good overview by combining the references of Schneider.ccmm,
  144. Schneider.edmm and Leff1990.  References are given in BiBTeX format, the
  145. bibliography program associated with LaTeX, the powerful and portable
  146. typesetting program.
  147.  
  148. By arrangement, books that have prices listed can be ordered over Internet from:
  149.   Reiter's Scientific & Professional Books
  150.   2021 K Street, NW
  151.   Washington, DC  20006
  152.   1-800-537-4314
  153.   1-202-223-3327
  154.   1-202-296-9103 FAX
  155.   books@reiters.com
  156.  
  157. Shipping and handling charges are:
  158. in the DC metropolitan area $4.00 for one item, $0.50 for each additional item,
  159. outside the area $4.50 for one item, $0.50 for each additional item.
  160.  
  161. The prices are current as of October 1994; because publishers are constantly
  162. changing their prices, they should be considered estimates rather than
  163. guaranteed prices.  To open an account you must first either phone or FAX them
  164. and provide a credit card number.  Book orders can be then placed at any time
  165. over the Internet.
  166.         **DO NOT SEND CREDIT CARD NUMBERS OVER THE INTERNET!**
  167.  
  168. Reiter's carries all of the books on this list except "Information Theory:
  169. Saving Bits", and that one can be special ordered.  If enough interest in this
  170. book is generated by the FAQ, it will be added as regular stock.  (It can also
  171. be ordered directly from the company using the information given.)
  172.  
  173. # Gonick's Wonderful books (Don't be shy!  They are worth the money!!):
  174.  
  175. @book{Gonick.computers,
  176. author = "L. Gonick",
  177. title = "The Cartoon Guide to Computers",
  178. edition = "second",
  179. publisher = "HarperCollins",
  180. address = "New York, NY",
  181. isbn = "0-06-273097-5",
  182. price = "price as of 1994 October 31: \$11.00",
  183. year = "1991"}
  184.  
  185. @book{Gonick.genetics,
  186. author = "L. Gonick",
  187. title = "The Cartoon Guide to Genetics",
  188. edition = "updated",
  189. publisher = "Barnes \& Nobel",
  190. address = "New York, NY",
  191. isbn = "0-06-273099-1",
  192. price = "price as of 1994 October 31: \$12.00",
  193. year = "1991"}
  194.  
  195. @book{Gonick.physics,
  196. author = "L. Gonick
  197.  and A. Huffman",
  198. title = "The Cartoon Guide to Physics",
  199. publisher = "HarperPerennial",
  200. address = "New York, NY",
  201. isbn = "0-06-273100-9",
  202. price = "price as of 1994 October 31: \$12.00",
  203. year = "1990"}
  204.  
  205. # A good starting point if you don't know much molecular biology:
  206. # (Two volumes)
  207.  
  208. @book{Watson1987,
  209. author = "J. D. Watson
  210.  and N. H. Hopkins
  211.  and J. W. Roberts
  212.  and J. A. Steitz
  213.  and A. M. Weiner",
  214. title = "Molecular Biology of the Gene",
  215. edition = "fourth",
  216. publisher = "The Benjamin/Cummings Publishing Co., Inc.",
  217. address = "Menlo Park, California",
  218. isbn = "0-8053-9614-4",
  219. price = "price as of 1994 October 31: \$59.95",
  220. year = "1987"}
  221.  
  222. # This book describes LaTex and BiBTeX:
  223.  
  224. @book{Lamport1994,
  225. author = "L. Lamport",
  226. title = "\LaTeX: A Document Preparation System,
  227. User's Guide \& Reference Manual",
  228. edition = "second",
  229. publisher = "Addison-Wesley Publishing Company",
  230. address = "Reading, Massachusetts",
  231. isbn = "0-201-52983-1",
  232. price = "price as of 1994 October 31: \$32.95",
  233. year = "1994"}
  234.  
  235. # ***********************************************************
  236. # REFERENCES - Information Theory
  237.  
  238. # The best starter book:
  239.  
  240. @book{Pierce1980,
  241. author = "J. R. Pierce",
  242. title = "An Introduction to Information Theory:
  243. Symbols, Signals and Noise",
  244. edition = "second",
  245. publisher = "Dover Publications, Inc.",
  246. address = "New York",
  247. isbn = "0-486-24061-4",
  248. comment = "
  249. original copyright 1961
  250. Ordering information:  Pierce1980 is currently available by mail from:
  251.    Dover Publications, Inc.
  252.    31 East 2nd street
  253.    Mineola, New York 11501
  254. order:
  255.    Pierce, An Introduction to Information Theory: Symbols, Signals and Noise
  256.    code number: 24061-4
  257. $7.95 + charges.  Payment in full, no telephone or credit card orders.
  258. Postage and Handling charges are:
  259. Bookrate: $3 (US only)
  260. UPS: $4.50 (US only, not Alaska or Hawaii or PO boxes)
  261. Foreign orders: add 20% of total (minimum $2.50)
  262. Sales Tax (Ny residents only)
  263. Foreign Orders Note: Remittances must be sent by international money order or
  264. in U.S. funds via Federal Wire System to Chemical Bank, N. Y.  ABA #021000128.
  265. Mark all remittances `For the account of Dover Publications, Inc.  #001 053
  266. 272'.  This information is from the Dover Math and Science Catalogue 9/92",
  267. price = "price as of 1994 October 31: \$8.95",
  268. year = "1980"}
  269.  
  270. Christopher Hillman (hillman@math.washington.edu) suggests that this one is a
  271. better starting point:  Thomas Cover and Joy A. Thomas, Elements of Information
  272. Theory, Wiley, 1991.  People who have seen both could post their opinions.
  273.  
  274. # A good introduction to the mathematics:
  275.  
  276. @book{Sacco1988,
  277. author = "W. Sacco
  278.  and W. Copes
  279.  and C. Sloyer
  280.  and R. Stark",
  281. title = "Information Theory: Saving Bits",
  282. publisher = "Janson Publications, Inc.",
  283. comment = "original address was Providence, Rhode Island",
  284. address = "Dedham, MA",
  285. isbn = "0-939765-25-X",
  286. phone = "(800) 322-6284",
  287. price = "price as of 1994 October 31: \$11.95",
  288. year = "1988"}
  289.  
  290. # Important originals:
  291.  
  292. @article{Shannon1948,
  293. author = "C. E. Shannon",
  294. title = "A Mathematical Theory of Communication",
  295. year = "1948",
  296. journal = "Bell System Tech. J.",
  297. volume = "27",
  298. pages = "379-423, 623-656"}
  299.  
  300. @book{ShannonWeaver1949,
  301. author = "C. E. Shannon
  302.  and W. Weaver",
  303. title = "The Mathematical Theory of Communication",
  304. publisher = "University of Illinois Press",
  305. address = "Urbana",
  306. isbn = "0-252-72548-4",
  307. price = "price as of 1994 October 31: \$9.95",
  308. year = "1949"}
  309.  
  310. @article{Shannon1949,
  311. author = "C. E. Shannon",
  312. title = "Communication in the Presence of Noise",
  313. year = "1949",
  314. journal = "Proc. IRE",
  315. volume = "37",
  316. pages = "10-21"}
  317.  
  318. # For the committed: The Complete Works!
  319.  
  320. @inproceedings{Shannon1993,
  321. author = "C. E. Shannon",
  322. editor = "N. J. A. Sloane and A. D. Wyner",
  323. booktitle = "Claude Elwood Shannon: Collected Papers",
  324. publisher = "IEEE Press",
  325. address = "Piscataway, NJ",
  326. isbn = "0-7803-0434-9",
  327. comment = "IEEE Order Number: PC0331-9
  328.   To order directly by charge card (eg Visa works) you can call
  329.   (908)-981-0060
  330.   $69.95 + $5 handling charge
  331.   delivery in about 2 weeks",
  332. price = "price as of 1994 October 31: \$69.95",
  333. year = "1993"}
  334.  
  335. # How locks work and other cool stuff:
  336.  
  337. @book{Macaulay1988,
  338. author = "D. Macaulay",
  339. title = "The Way Things Work",
  340. publisher = "Houghton Mifflin Company",
  341. address = "Boston",
  342. isbn = "0-395-42857-2",
  343. price = "price as of 1994 October 31: \$29.95",
  344. comment = "This book is also available on Windows-Compatible CD-ROM
  345.   cdrom isbn = 1-56458-901-3  Price as of 1994 October 31: \$99.95",
  346. year = "1988"}
  347.  
  348. # Leff1990 gives a review of the Maxwell's Demon problem.
  349. # See also Schneider.edmm, listed below.
  350.  
  351. @book{Leff1990,
  352. author = "H. S. Leff and A. F. Rex",
  353. title = "Maxwell's Demon: Entropy, Information, Computing",
  354. publisher = "Princeton University Press",
  355. address = "Princeton, N. J.",
  356. phone = "1(800) 777-4726",
  357. isbn.hard = "0-691-08726-1 (hard cover)",
  358. price.hard = "price as of 1994 October 31: \$80.00",
  359. isbn.paper = "0-691-08727-X (paperback)",
  360. price.paper = "price as of 1994 October 31: \$26.95",
  361. year = "1990"}
  362.  
  363. # ***********************************************************
  364.  
  365. # REFERENCES - Jaynes
  366.  
  367. @article{JaynesI,
  368.   author = "Edwin T. Jaynes",
  369.   title = "Information Theory and Statistical Mechanics",
  370.   year = 1957,
  371.   journal = "Physical Review",
  372.   volume = "106",
  373.   pages = "620-630"}
  374.  
  375. @article{JaynesII,
  376.   author = "Edwin T. Jaynes",
  377.   title = "Information Theory and Statistical Mechanics. {II}",
  378.   year = 1957,
  379.   journal = "Physical Review",
  380.   volume = "108",
  381.   pages = "171-190"}
  382.  
  383. # A version of Jaynes' new book "PROBABILITY THEORY -- THE LOGIC OF SCIENCE"
  384. # is available in the archive in the jaynes directories.
  385.  
  386. # ***********************************************************
  387. # REFERENCES - Schneider
  388.  
  389. @article{Schneider1986,
  390. author = "T. D. Schneider
  391.  and G. D. Stormo
  392.  and L. Gold
  393.  and A. Ehrenfeucht",
  394. title = "Information content of binding sites on nucleotide sequences",
  395. journal = "J. Mol. Biol.",
  396. volume = "188",
  397. pages = "415-431",
  398. year = "1986"}
  399.  
  400. @inproceedings{Schneider1988,
  401. author = "T. D. Schneider",
  402. editor = "G. J. Erickson and C. R. Smith",
  403. title = "Information and entropy of patterns in genetic switches",
  404. booktitle = "Maximum-Entropy and Bayesian Methods in Science and Engineering",
  405. volume = "2",
  406. pages = "147-154",
  407. publisher = "Kluwer Academic Publishers",
  408. address = "Dordrecht, The Netherlands",
  409. year = "1988"}
  410.  
  411. @article{Schneider1989,
  412. author = "T. D. Schneider
  413.  and G. D. Stormo",
  414. title = "Excess Information at Bacteriophage {T7} Genomic Promoters
  415. Detected by a Random Cloning Technique",
  416. year = "1989",
  417. journal = "Nucl. Acids Res.",
  418. volume = "17",
  419. pages = "659-674"}
  420.  
  421. @article{Schneider.Stephens.Logo,
  422. author = "T. D. Schneider
  423.  and R. M. Stephens",
  424. title = "Sequence Logos: A New Way to Display Consensus Sequences",
  425. journal = "Nucl. Acids Res.",
  426. volume = "18",
  427. pages = "6097-6100",
  428. year = "1990"}
  429.  
  430. @article{Schneider.ccmm,
  431. author = "T. D. Schneider",
  432. title = "Theory of Molecular Machines.
  433. {I. Channel} Capacity of Molecular Machines",
  434. journal = "J. Theor. Biol.",
  435. volume = "148",
  436. number = "1",
  437. pages = "83-123",
  438. note = "{(Note: The figures were printed out of order!
  439. Fig. 1 is on p. 97.)}",
  440. year = 1991}
  441.  
  442. @article{Schneider.edmm,
  443. author = "T. D. Schneider",
  444. title = "Theory of Molecular Machines.
  445. {II. Energy} Dissipation from Molecular Machines",
  446. journal = "J. Theor. Biol.",
  447. volume = "148",
  448. number = "1",
  449. pages = "125-137",
  450. year = 1991}
  451.  
  452. @article{Herman.Schneider1992,
  453. author = "N. D. Herman
  454.   and T. D. Schneider",
  455. title = "High Information Conservation Implies that at Least Three Proteins
  456. Bind Independently to {F} Plasmid {{\em incD\/}} Repeats",
  457. journal = "J. Bact.",
  458. volume = "174",
  459. pages = "3558-3560",
  460. year = "1992"}
  461.  
  462. @article{Stephens.Schneider.Splice,
  463. author = "R. M. Stephens
  464.   and T. D. Schneider",
  465. title = "Features of spliceosome evolution and function
  466. inferred from an analysis of the information at human splice sites",
  467. journal = "J. Mol. Biol.",
  468. volume = "228",
  469. pages = "1124-1136",
  470. year = "1992"}
  471.  
  472. @article{Papp.helixrepa,
  473. author = "P. P. Papp
  474.  and D. K. Chattoraj
  475.  and T. D. Schneider",
  476. title = "Information Analysis of Sequences that Bind
  477. the Replication Initiator {RepA}",
  478. journal = "J. Mol. Biol.",
  479. comment = "Cover of 233, number 2!",
  480. volume = "233",
  481. pages = "219-230",
  482. year = "1993"}
  483.  
  484. @article{Schneider.nano2,
  485. author = "T. D. Schneider",
  486. title = "Sequence Logos, Machine/Channel Capacity,
  487. {Maxwell}'s Demon, and Molecular Computers:
  488. a Review of the Theory of Molecular Machines",
  489. journal = "Nanotechnology",
  490. volume = "5",
  491. number = "1",
  492. pages = "1-18",
  493. year = "1994"}
  494. ftp://ftp.ncifcrf.gov/pub/delila/nano2.ps
  495.  
  496. # ***********************************************************
  497. # REFERENCES - Yockey
  498.  
  499. @book{Yockey1958a,
  500. editor = "Hubert P. Yockey and Robert P. Platzman and Henry Quastler",
  501. title = "Symposium on Information Theory in Biology",
  502. booktitle = "Symposium on Information Theory in Biology",
  503. publisher = "Pergamon Press",
  504. address = "New York, London",
  505. comment = "out of print",
  506. year = "1958"}
  507.  
  508. @article{Yockey1981,
  509. author = "Hubert P. Yockey",
  510. year = 1981,
  511. title = "Self-organization Origin of Life Scenarios and Information Theory",
  512. journal = "J. Theor. Biol.",
  513. volume = "91",
  514. pages = "13-31"}
  515.  
  516. @book{Yockey1992,
  517. author = "H. P. Yockey",
  518. title = "Information Theory in Molecular Biology",
  519. publisher = "Cambridge University Press",
  520. address = "Cambridge",
  521. isbn = "0-521-35005-0",
  522. comment = "40 West 20th Street,
  523. New York, N. Y.  10011-4211,
  524. order number 350050",
  525. phone = "1-800-827-7423",
  526. price = "price as of 1994 October 31: \$74.95",
  527. year = "1992"}
  528.  
  529. ***********************************************************
  530.  
  531. * Will Authors Send Me Papers?
  532.  
  533. Tom Schneider will mail you copies of his papers.  Send your physical address
  534. to him at toms@ncifcrf.gov.  Some papers are on line already, see also the
  535. README file in the ftp archive ftp.ncifcrf.gov in pub/delila.
  536.  
  537. If you are willing to send out papers or have papers you would like listed
  538. here, please contact Tom Schneider.
  539.  
  540. You can request them by Mosaic from the page
  541. http://www.ncifcrf.gov:2001/~toms/papers.html
  542.  
  543. ***********************************************************
  544.  
  545. * How Do I find Sequence Logos on the Web?
  546.  
  547. http://www.ncifcrf.gov:2001/~toms/sequencelogo.html
  548.  
  549. ***********************************************************
  550.  
  551. * Is There a Shell Script for Making Logos?
  552.  
  553. Yes, you will find the one Shmuel Pietrokovski wrote in the ftp archive
  554. ftp.ncifcrf.gov in pub/delila/logoaid.  (Also available in
  555. bioinformatics.weizmann.ac.il/pub/software/logoaid.)
  556. ***********************************************************
  557.  
  558. * Is There a Mosaic Page for Making Sequence Logos?
  559.  
  560. Yes, Steve Brenner has done it!
  561.  
  562. http://www.bio.cam.ac.uk/seqlogo/
  563.  
  564. ***********************************************************
  565.  
  566. * Can You Just Point My Mosaic To The FAQ and the Archives?
  567.  
  568. This file and the postings may be obtained by Mosaic through the world wide web
  569. at:
  570.  
  571. <UL>
  572.  
  573. <H2>
  574. <LI> <A HREF="ftp://ftp.ncifcrf.gov/pub/delila/bionet.info-theory.faq.Z">
  575. FAQ (Frequently Asked Questions)</A>
  576. about the Biological Information Theory and Chowder Society
  577. </H2>
  578.  
  579. <H2>
  580. <LI> <A HREF="gopher://net.bio.net/11/BIO-INFO">
  581. Gopher Link to Archive of All Postings.</A>
  582. This archive contains the most recent postings
  583. as separate documents.</H2>
  584.  
  585. <H2>
  586. <LI> <A HREF="ftp://net.bio.net/pub/BIOSCI/BIO-INFO">
  587. Archive of Monthly Postings.</A>
  588. This archive (currently) contains postings
  589. from each month as a single document.</H2>
  590.  
  591. <H2>
  592. <LI> <A HREF="ftp://ftp.bio.indiana.edu/usenet/bionet/info-theory/">
  593. Gopher link to Archive of Postings at IUBO.</A>
  594. This archive contains individual postings.
  595. Older postings are collected by the month as a single document.
  596. There is an index for each month.
  597. </H2>
  598.  
  599. </UL>
  600.  
  601. ***********************************************************
  602.  
  603. * How Do I obtain bionet.info-theory BY EMAIL?
  604.  
  605. If you have access to USENET news YOU DO NOT NEED AN E-MAIL SUBSCRIPTION!!  We
  606. strongly encourage all interested users to explore getting USENET news at your
  607. site.  It's MUCH easier on you than an e-mail subscription!  Please consult
  608. your systems manager or contact biosci-help@net.bio.net for assistance if
  609. needed.
  610.  
  611. The BIOSCI (email) name for the forum is BIO-INFO.
  612.  
  613. Depending on where you are, you have to do different things to subscribe or be
  614. removed from the email subscription list:
  615.  
  616. SUBSCRIBING / UNSUBSCRIBING
  617.    North or South America or Pacific Rim:
  618.      Using the computer account in which you want to receive mail
  619.      messages, please send an email message to the e-mail server at
  620.      biosci-server@net.bio.net.  Leave the Subject: line blank.
  621.      In the body of the message include the line
  622.  
  623.      subscribe bio-info
  624.  
  625.      to add yourself to the mailing list or
  626.  
  627.      unsubscribe bio-info
  628.  
  629.      to cancel an existing subscription.  If you need personal
  630.      subscription assistance, please contact biosci-help@net.bio.net.
  631.  
  632.    Europe, Africa, and Central Asia:
  633.        Send a email message to the person at
  634.       biosci@daresbury.ac.uk
  635.    requesting a subscription or removal from the BIO-INFO forum.
  636.  
  637. SENDING OUT POSTINGS
  638. Thereafter, address email messages for this forum to one of:
  639.  
  640.    North or South America or Pacific Rim:
  641.       bio-info@net.bio.net
  642.  
  643.    Europe, Africa, and Central Asia:
  644.       bio-info@daresbury.ac.uk
  645.  
  646. You can post to either of the above address if you want.  We only request that
  647. you sign up at your local node in order to optimize the use of the network
  648. resources for message distribution.
  649.  
  650. Do not send subscription requests to any of these addresses, or you will have
  651. sent it to everybody on the planet (to your great embarrassment, and we will
  652. drub you with food cake)!  Let me say that again:  please do not post requests
  653. for subscription or being removed from the list to the list itself, that takes
  654. up bandwidth all over the world!
  655.  
  656. If you have problems, contact the subscription site manager who you signed up
  657. with.  If your problem is not resolved, please contact
  658. biosci-help@net.bio.net.
  659.  
  660. DO NOT CONTACT TOM SCHNEIDER FOR SUBSCRIPTIONS OR UNSUBSCRIBING!
  661.  
  662. ***********************************************************
  663.  
  664. * Where Did I Get This FAQ File From Originally?
  665.  
  666. The latest version of this FAQ is stored in the anonymous ftp archive
  667. ftp.ncifcrf.gov in pub/delila under the name bionet.info-theory.faq and also as
  668. bionet.info-theory.faq.Z (The .Z means it is compressed; remember to use the
  669. binary transfer mode if you pick up the latter.  See the uncompressed README
  670. file in the archive for where to get the uncompress program if you need it.)
  671. Please send questions and comments to: Tom Schneider toms@ncifcrf.gov
  672.  
  673. This file is also posted monthly on news.answers and bionet.info-theory.
  674.  
  675. ***********************************************************
  676.  
  677. * What is the IP number of the FAQ archive?
  678.  
  679. For ftp.ncifcrf.gov you can use 129.43.1.11
  680.  
  681. ***********************************************************
  682. * Where Are the Bionet Archives?
  683.  
  684. The entire collection of BIOSCI/bionet messages from inception are
  685. available via the biosci.src WAIS source at net.bio.net.  Contact
  686. biosci-help@net.bio.net for further help with accessing this WAIS source.
  687.  
  688. FTP archives of all the BIOSCI/bionet messages are available at net.bio.net
  689. [134.172.2.69] in /pub/BIOSCI.  bionet.info-theory is in pub/BIOSCI/BIO-INFO.
  690. Files are in mailbox format, with names of the form YYMM (YY=last 2 digits of
  691. the year, MM=cardinal number of the month, zero padded).  The current months
  692. postings are in the file 'current'.  Contact biosci-help@net.bio.net for
  693. further help with or comments on the archives.
  694.  
  695. All the bionet.* newsgroups, including info-theory, are also archived for
  696. Gopher retrieval from the IUBIO Gopher hole and for anonymous ftp from
  697. ftp.bio.indiana.edu, directory usenet/bionet/...
  698.  
  699. The archives can be accessed by gopher or ftp running under the Mosaic
  700. interface.  The URL (Universal Record Locator) for gopher is:
  701.    gopher://net.bio.net/11/BIO-INFO
  702. This gives individual postings.  By ftp one can use:
  703.    ftp://net.bio.net/pub/BIOSCI/BIO-INFO
  704. Unfortunately this gives the entire month in a single document.
  705.  
  706. ***********************************************************
  707.  
  708. * What Can I Do About Inappropriate Postings?
  709.  
  710. The short form of this news group's name, bio-info, can be a little confusing
  711. to some people inexperienced in network communications or with little knowledge
  712. of the discipline (if there is any :-) of biological information theory.  It
  713. can and has been mistaken as a news group for general biological information.
  714. Our readers should be aware that when such postings come to our attention, we
  715. do attempt to inform, privately, the people who make these inappropriate
  716. postings of the error of their ways and suggest alternative or more appropriate
  717. venues.
  718.  
  719. Subjecting the writers of inappropriate posting to public excoriation is not a
  720. good policy because the mistake is usually inadvertent and the follow-up
  721. postings add further to the irritation of our regular readers.  When others
  722. publicly reply to such posts in this news group, although they may think they
  723. are being polite to the original poster, they are still annoying our regular
  724. readers.  We suggest that a better policy for readers who do wish to reply to
  725. inappropriate posts is to do so privately or to an appropriate news group.
  726.  
  727. ***********************************************************
  728.  
  729. * What is the official word on copyright of this FAQ?
  730.  
  731. This FAQ fits the description in the U. S. Copyright Act of a "United States
  732. Government work".  It was written as a part of my official duties as Government
  733. employee.  This means it cannot be copyrighted.  The article is freely
  734. available without a copyright notice, and there are no restrictions on its use,
  735. now or subsequently.  I retain no rights in the FAQ.
  736.  
  737. Thomas D. Schneider
  738.  
  739. ***********************************************************
  740.  
  741. * Who Takes Care of This Group?
  742.  
  743. John S. Garavelli
  744. Protein Information Resource
  745. National Biomedical Research Foundation
  746. Washington, DC  20007
  747. garavelli@gunbrf.bitnet
  748.  
  749. Tom Schneider
  750. National Cancer Institute
  751. Laboratory of Mathematical Biology
  752. Frederick, Maryland  21702-1201
  753. toms@ncifcrf.gov
  754.  
  755. John L. Spouge
  756. National Center for Biotechnology Information
  757. National Library of Medicine
  758. Bethesda, MD  20894
  759. spouge@frodo.nlm.nih.gov
  760.  
  761. Please email comments and suggestions on this faq sheet to Tom.
  762.  
  763. John Garavelli (who also answers to "Steve" if you want to avoid confusion)
  764. often organizes dinner speakers.
  765.  
  766. John Spouge often arranges dinner locations.
  767.  
  768. ***********************************************************
  769.